Trong một thời gian dài, vai trò của nước đối với sự phát triển bền vững của đất nước, đối với sức khoẻ và cuộc sống chưa được nhận thức đầy đủ; giá trị kinh tế của nước chưa được chú trọng, chưa thực sự coi nước là tài nguyên, là hàng hóa; công tác bảo vệ, quản lý tài nguyên nước chưa được đặt vào một vị thế đúng mức. 

Việc nâng cao nhận thức và ý thức bảo vệ, gìn giữ tài nguyên của cộng đồng trong xã hội cũng còn hạn chế, chưa đạt kết quả mong muốn dẫn đến chưa huy động hiệu quả nguồn lực xã hội trong công tác bảo vệ tài nguyên nước.

Các số liệu thống kê và các kết quả tính toán cân bằng nước cho thấy với tiềm năng tài nguyên nước và kết cấu hạ tầng hiện nay thì ở nhiều lưu vực sông, nhu cầu nước đã vượt quá khả năng nguồn nước trong một số tháng mùa khô. Vấn đề thiếu nước trong mùa khô sẽ ngày càng trầm trọng hơn khi nhu cầu tăng lên cùng với sự gia tăng dân số và phát triển kinh tế-xã hội.

Việc xây dựng thêm kết cấu hạ tầng có khả năng sẽ làm cho tình hình thiếu nước bớt căng thẳng nhưng sẽ không hoàn toàn giải quyết được tình trạng thiếu nước. Sẽ không khả thi và không kinh tế cũng như không có lợi về mặt môi trường nếu chỉ cố gắng tập trung xây thêm nhiều công trình với mục đích “không có hạn hán”. Ở đây, vấn đề quan trọng là phải kết hợp tạo nguồn với việc điều hoà, phân phối, sử dụng hợp lý, tiết kiệm, hiệu quả tài nguyên nước hiện có.

Kết cấu hạ tầng đã và đang bị xuống cấp nghiêm trọng cùng với những yếu kém trong quản lý dẫn đến tình trạng khai thác, sử dụng nước không hiệu quả, lãng phí. Ở nhiều hệ thống cấp nước đô thị, lượng nước thất thoát lên tới 40- 50%, khả năng cấp nước theo thiết kế của các hệ thống thủy lợi đang suy giảm.

Nhiều công trình trên sông (hồ chứa và đập tràn), do khi thiết kế không chú ý đầy đủ đến nhu cầu bảo đảm dòng chảy cho hạ du đã dẫn tới tình trạng suy thoái dòng chảy nghiêm trọng ở hạ lưu sông, tăng xâm nhập mặn và ảnh hưởng đến khả năng tiếp cận nguồn nước của người dân sống ở vùng hạ lưu sông. Thiếu nước trong mùa khô, dòng chảy ở hạ lưu bị suy giảm cùng với tình trạng ô nhiễm ngày càng gia tăng dẫn đến sự cạnh tranh về nước trong mùa khô giữa các hộ sử dụng nước.

Khai thác nước dưới đất không hợp lý hoặc khai thác quá mức cho phép đang gây ra những vấn đề nghiêm trọng ở nhiều vùng. Tại khu vực ở Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh và Tây Nguyên, mực nước dưới đất đã bị hạ thấp liên tục và còn đang tiếp diễn. Mực nước dưới đất hạ thấp quá mức đang làm gia tăng nguy cơ lún sụt đất, đe dọa tới sự ổn định của các công trình xây dựng và kết cấu hạ tầng. Việc suy giảm mực nước do khai thác nước dưới đất quá mức cùng với tình trạng xả nước thải chưa được kiểm soát, nguồn nước mặt bị ô nhiễm là một trong những nguyên nhân chính làm nhiễm bẩn, nhiễm mặn nguồn nước dưới đất ở nhiều khu vực.

Nhiều hồ chứa thủy điện mới chỉ chú trọng tăng sản lượng điện mà thiếu chú ý đúng mức điều tiết dòng chảy để cấp nước cho hạ lưu và bảo vệ môi trường; nhiều hồ chứa thủy lợi mới chú trọng cấp nước tưới, chưa quan tâm đầy đủ đến các mục tiêu khác. Phần lớn các công trình khai thác, sử dụng tài nguyên nước chỉ phục vụ chủ yếu cho từng lĩnh vực cụ thể, các mục tiêu khác chỉ là kết hợp "được đến đâu hay đến đó".

Gia tăng dân số với tốc độ xấp xỉ 1,12%/năm, tăng trưởng GDP ở mức 7,5- 8%/năm, trong đó giá trị tăng thêm ngành nông, lâm, ngư nghiệp tăng 3,2%/năm, công nghiệp và xây dựng 10-10,2%/năm, dịch vụ 7,7-8,2%/năm dẫn đến nhu cầu khai thác, sử dụng nước tăng cả về mặt số lượng và chất lượng, trong khi nguồn nước là hữu hạn, khả năng phát triển tài nguyên nước còn hạn chế, các yếu tố không bền vững về tài nguyên nước không suy giảm mà có nguy cơ gia tăng. Xóa đói, giảm nghèo là một trong những định hướng quan trọng của Đảng và Nhà nước trong phát triển kinh tế-xã hội của đất nước. Để phát triển xã hội bền vững, người nghèo cần phải có nhiều cơ hội hơn trong việc tiếp cận với nguồn nước, trong khi tỷ lệ hộ nghèo theo chuẩn mới vẫn còn cao ở mức 25- 26%. Đây là những thách thức lớn, đòi hỏi phải có sự thay đổi trong phương thức quản lý và phát triển tài nguyên nước.

Việc gia nhập WTO ngoài việc đòi hỏi các doanh nghiệp trong nước phải nỗ lực phát triển, nâng hiệu quả sản xuất mà còn đòi hỏi các cơ quan quản lý nhà nước phải đẩy mạnh cải cách hành chính để hàng hóa của Việt Nam có khả năng cạnh tranh được với hàng hóa cùng chủng loại của các nước trên thế giới. Trong lĩnh vực tài nguyên nước, khung pháp lý cần phải được điều chỉnh, bổ sung nhằm tạo điều kiện để các doanh nghiệp cung ứng các dịch vụ nước có thể chủ động sản xuất, kinh doanh, cung cấp nước ổn định, có chất lượng cho các hoạt động sản xuất, kinh doanh trong toàn xã hội.

Trong những năm gần đây, hạn hán, lũ, lụt xảy ra với tần suất ngày càng tăng, quy mô ngày càng lớn gây tác hại nghiêm trọng cho nền kinh tế quốc dân, đời sống của nhân dân, đặc biệt là người nghèo. Công tác phòng, chống thiên tai mặc dù đã đạt được nhiều kết quả, nhưng ở nhiều vùng, nhiều lưu vực sông còn thiếu tiêu chuẩn phòng, chống lũ, lụt; chưa có các giải pháp phòng tránh, giảm nhẹ thiệt hại do lũ quét, lũ bùn đá gây ra; chưa thể chủ động hoàn toàn kiểm soát lũ, hạn ở Trung Bộ và Nam Bộ; kết cấu hạ tầng kỹ thuật, công nghệ, điều tra cơ bản phục vụ công tác dự báo, cảnh báo những tác hại do nước gây ra còn nhiều hạn chế.

Cải thiện chất lượng môi trường nói chung, chất lượng nước nói riêng đang là mối quan tâm đặc biệt của toàn xã hội. Trong thời gian qua, do chú trọng vào phát triển kinh tế, nhất là tăng trưởng GDP, ít chú ý tới bảo vệ tài nguyên nước, dẫn tới suy thoái, ô nhiễm nguồn nước diễn ra phổ biến, đặc biệt là trong mùa khô, ở những đoạn sông chảy qua các khu đô thị, khu công nghiệp, khu vực tập trung dân cư và trên những sông nhỏ ở khu vực đồng bằng. Hậu quả là có nước nhưng vẫn bị thiếu nước do chất lượng nước không đáp ứng yêu cầu sử dụng. Mặc dù, Nhà nước đã ban hành nhiều chính sách, pháp luật cũng như thực hiện nhiều chương trình, dự án để bảo vệ tài nguyên nước, tuy nhiên tình hình ô nhiễm nguồn nước vẫn có xu thế tăng lên. Hệ thống giám sát, cảnh báo, thông báo chất lượng nước và các sự cố ô nhiễm nguồn nước chưa được quan tâm đầu tư đúng mức.

Tập trung phát triển kinh tế, chậm trễ trong nhận thức về mức độ quan trọng của các hệ sinh thái thuỷ sinh trong cân bằng tự nhiên dẫn đến hệ sinh thái thuỷ sinh đã bị suy giảm, đặc biệt là các hệ sinh thái nước ngọt bị suy giảm nghiêm trọng, nhiều loài trở lên khan hiếm, có loài đang đứng trước nguy cơ bị tuyệt chủng.

Nguyên nhân trực tiếp dẫn đến tình trạng trên là do: chưa chú ý đầy đủ đến việc bảo đảm dòng chảy môi trường, bảo tồn hệ sinh thái khi xây dựng các công trình trên sông, trong khai thác, sử dụng nước các dòng sông; nguồn nước bị ô nhiễm gây độc hại và làm suy giảm hệ động, thực vật dưới nước; chặt phá rừng ngập mặn, kè, lát bờ hồ, bờ sông không có quy hoạch, suy giảm lớp phủ thực vật trên lưu vực làm giảm khả năng tự làm sạch của dòng chảy mặt; khai thác khoáng sản trên sông và các hoạt động khác ở ven sông không hợp lý, thiếu quy hoạch làm biến đổi nghiêm trọng môi trường sống của nhiều hệ động, thực vật.

Hệ thống văn bản pháp luật về tài nguyên nước chưa hoàn chỉnh. Luật Tài nguyên nước chưa thực sự đi vào cuộc sống và chưa phát huy tác dụng điều chỉnh, chưa phù hợp với tình hình mới. Công tác quản lý tài nguyên nước còn phân tán, chồng chéo, đan xen giữa quản lý và khai thác, sử dụng. Bộ máy tổ chức chưa hoàn thiện, năng lực quản lý tài nguyên nước chưa đáp ứng yêu cầu, thiếu các cơ quan chuyên môn hỗ trợ kỹ thuật. Việc phân công, phân cấp trong quản lý nhà nước về tài nguyên nước vẫn còn chồng chéo, trùng lặp, trong khi có chỗ lại bỏ trống. Sự phối hợp giữa các ngành, giữa Trung ương và địa phương, giữa các tỉnh trong khai thác, sử dụng tài nguyên nước tổng hợp, đa mục tiêu còn chưa hiệu quả. Các ngành khai thác, sử dụng tài nguyên nước chỉ chú trọng đến lợi ích của ngành mình là chủ yếu, thiếu sự quan tâm đầy đủ đến lợi ích của ngành khác.

Chưa có sự điều phối chung để phân phối, sử dụng tài nguyên nước một cách có hiệu quả, kể cả một số công trình đa mục tiêu. Nhiều công trình khai thác, sử dụng tài nguyên nước đã được xây dựng trong nhiều năm qua, song có rất ít công trình thực sự hoạt động đa mục tiêu. Trên thực tế, đã xảy ra tình trạng ngay trên một công trình, việc quản lý cũng bị phân tán, chia cắt hoặc việc phối kết hợp trong khai thác, sử dụng nước cho các mục đích khác nhau cũng còn nhiều bất cập dẫn đến hiệu quả của công trình thấp. Điều đó dẫn đến tài nguyên nước tiếp tục bị suy giảm, mâu thuẫn về nước ngày càng tăng gây nguy cơ khủng hoảng nguồn nước, gia tăng đói nghèo trong khi tiềm năng về nước chưa được phát huy đầy đủ, khai thác hiệu quả.

Quan điểm nước là tài nguyên, nước là hàng hóa chưa được thể chế hóa thành cơ chế, chính sách, nhất là các chính sách kinh tế, tài chính một cách đầy đủ để tạo nội lực và động lực phát triển bền vững, bảo đảm khai thác nước hợp lý, cung ứng nước thỏa mãn các nhu cầu của xã hội, tạo cơ sở để sử dụng nước tiết kiệm, có hiệu quả và bảo vệ tốt tài nguyên nước. Các văn bản dưới luật hướng dẫn thi hành các quy định về quyền và nghĩa vụ tài chính trong khai t0hác tài nguyên nước, cung ứng và sử dụng dịch vụ nước theo Luật Tài nguyên nước chưa đầy đủ và thiếu đồng bộ. Ngân sách Nhà nước vẫn phải gánh chịu hầu hết các khoản vốn đầu tư phát triển và chi phí vận hành các công trình cấp, thoát nước.

Chưa nắm vững được thực trạng tài nguyên nước quốc gia, chưa có đủ số liệu tin cậy về tài nguyên nước trên phạm vi toàn quốc. Công tác thu thập, quản lý, lưu trữ dữ liệu, thông tin về tài nguyên nước còn phân tán, chưa tập trung. Do đó, những thông tin về tài nguyên nước chưa thống nhất và chưa được chia sẻ ngay trong các cơ quan Nhà nước. Các số liệu, thông tin cần thiết về tài nguyên nước, diễn biến tài nguyên nước làm cơ sở để lập quy hoạch và kế hoạch phát triển kinh tế-xã hội cho các địa phương, các vùng lãnh thổ chưa đủ và không thường xuyên được cập nhật. Việc quản lý thông tin vẫn chưa có hiệu quả, đặc biệt là chưa có ngân hàng dữ liệu tài nguyên nước quốc gia. Chế độ báo cáo, cung cấp dữ liệu, thông tin về tài nguyên nước, về khai thác, sử dụng nước của các ngành, các địa phương và các tổ chức, cá nhân chưa được coi trọng

Quản lý tổng hợp lưu vực sông là nội dung chủ yếu trong công tác quản lý tài nguyên nước, nhưng hiện vẫn chưa hoàn thiện cả về thể chế, tổ chức bộ máy lẫn biện pháp thực hiện dẫn tới tình trạng sử dụng tài nguyên nước còn tuỳ tiện, hiệu quả thấp và gây ô nhiễm nguồn nước. Các ngành, các địa phương đều khai thác tài nguyên nước phục vụ phát triển ngành, địa phương và đạt được nhiều thành tựu, nhưng do thiếu quy hoạch tổng hợp lưu vực sông làm cơ sở gắn kết bảo vệ, phát triển, khai thác, sử dụng tài nguyên nước thành một thể thống nhất nên đã phát sinh những vấn đề liên ngành, liên địa phương cần phối hợp giải quyết. Quản lý tổng hợp lưu vực sông không chỉ quản lý về mặt số lượng, chất lượng mà còn bao gồm cả vấn đề môi trường, sinh thái, không thể tách rời quản lý tài nguyên nước với bảo vệ môi trường và các tài nguyên liên quan khác. Việc quản lý tổng hợp lưu vực sông phải bảo đảm quyền tự chủ, tự quyết định cũng như trách nhiệm của các địa phương trong lưu vực sông trong việc giải quyết lợi ích có liên quan đến tài nguyên nước giữa thượng lưu và hạ lưu, giữa các tổ chức, cá nhân trong lưu vực sông theo quy định của pháp luật do các cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành.

Để phát triển bền vững lưu vực sông trước hết cần có các mục tiêu, định hướng phát triển bền vững từ đó đưa ra giải pháp phát triển đảm bảo tính thống nhất trong toàn lưu vực theo nguyên tắc "quản lý thống nhất theo lưu vực, không chia cắt theo địa giới hành chính". Để thực hiện điều này, trước hết phải tuân thủ việc lập và thực hiện quy hoạch tài nguyên nước lưu vực sông.

Quy hoạch về thủy lợi, thủy điện, cấp nước, giao thông đường thủy nội địa và các quy hoạch khác có hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên nước do bộ, ngành, địa phương lập (gọi chung là quy hoạch chuyên ngành có khai thác, sử dụng tài nguyên nước) phải phù hợp với quy hoạch tài nguyên nước.

Như vậy, nếu đã lập và triển khai thực hiện quy hoạch tài nguyên nước thì các định hướng phát triển dưa trên cơ sở khai thác sử dụng tài nguyên nước, cũng như các quy hoạch phát triển, quy hoạch sử dụng đất đều phải có sự gắn kết và tuân thủ các yêu cầu và giải pháp được đưa ra trong quy hoạch tài nguyên nước.

Rất tiếc đến nay, Bộ Tài nguyên và Môi trường vẫn chưa lập được một quy hoạch tài nguyên nước nào đúng nghĩa theo quy định của Luật Tài nguyên nước năm 2012. Bộ Tài nguyên & Môi trường có chức năng nhiệm vụ quản lý tài nguyên nước nhưng nguồn nhân lực chủ yếu lại nằm ở Bộ Nông nghiệp & PTNT đó là thách thức .

Tình trạng thiên tai như lũ lụt, hạn hán, xói lở vẫn thường xuyên xảy ra tác động không nhỏ đến sản xuất, đời sống xã hội. Ô nhiễm môi trường ở hạ lưu các lưu vực sông lớn, khu vực đô thị ngày càng trở nên trầm trọng. Hiệu quả sử dụng công trình thuỷ lợi thấp đạt khoảng 40-60%, tình trạng thiếu nước ngọt cho sinh hoạt cũng như sản xuất nhiều tháng liền như đợt hạn hán năm nay ở Tây Nguyên, Ninh Thuận, Bình Thuận đã trở thành những thách thức không nhỏ trong phát triển, bảo vệ tài nguyên nước nói riêng và phát triển kinh tế xã hội đất nước nói chung. Bên cạnh những nguyên nhân khách quan do thiên tai, biến đổi bất thường của khí hậu, thời tiết, thì tình trạng trên còn do một phần các nguyên nhân chủ quan từ các hoạt động của con người trong đó có cả những hoạt động quản lý tài nguyên nước.

Vấn đề rất quan trọng liên quan đến quản lý thống nhất tài nguyên nước theo lưu vực sông là thành lập tổ chức quản lý lưu vực sông, tuy nhiên điều quan trọng là tiếng nói và thực quyền của tổ chức này lại không được đề cập cụ thể trong Luật Tài nguyên nước dẫn đến việc quy định chỉ mang tính hình thức, không có ý nghĩa trong quản lý và phát triển bền vững lưu vực sông.

Trên khía cạnh pháp lý thì theo Luật Tài nguyên nước 1998 vai trò của tổ chức quản lý lưu vực sông còn rõ và có tiếng nói quan trọng trong quá trình phát triển, nó không bị mờ nhạt và chỉ mang tính hình thức như quy định của Luật Tài nguyên nước sửa đổi bổ sung năm 2012. Mặc dù trên thực tế, cơ quan quản lý nhà nước từ trung ương đến địa phương chưa bao giờ quan tâm và coi trọng đúng mức về tổ chức này.