Cụ thể, lĩnh vực nông nghiệp gồm các mô hình: HTX vừa sản xuất, vừa tham gia thị trường (sàn giao dịch nông sản); HTX nông nghiệp đảm nhiệm các dịch vụ đầu vào, sơ chế/chế biến và đầu ra trong chuỗi giá trị nông sản; HTX tích tụ, tập trung ruộng đất có quy mô lớn và công nghệ cao vào sản xuất; HTX phát triển nông, lâm, thủy sản bền vững; HTX sản xuất sản phẩm OCOP, gắn với du lịch nông thôn, miền núi; HTX đánh bắt, nuôi trồng thủy hải sản và bảo vệ nguồn lợi cộng đồng. 
Đối với lĩnh vực phi nông nghiệp thực hiện các mô hình: HTX giao thông vận tải; HTX tiểu thủ công nghiệp gắn với phục hồi và phát triển làng nghề truyền thống; HTX dịch vụ vì cộng đồng (hoạt động lĩnh vực môi trường, y tế, giáo dục, quản lý chợ...). 
Phấn đấu 100% HTX thí điểm hoạt động hiệu quả cao, được đánh giá xếp loại tốt, đạt từ 80 điểm trở lên theo Thông tư 01/2020 của Bộ KH-ĐT về hướng dẫn phân loại và đánh giá HTX. Đồng thời xây dựng phương án nhân rộng các mô hình HTX kiểu mới hiệu quả trên phạm vi tỉnh Phú Yên trong 5 năm tiếp theo (giai đoạn 2026-2030). 
UBND tỉnh yêu cầu UBND các huyện, thị xã, thành phố cân đối ngân sách địa phương, bố trí lồng ghép nguồn lực để thực hiện các chính sách hỗ trợ, ưu đãi của Nhà nước với HTX phù hợp với khả năng cân đối của ngân sách địa phương và quy định của pháp luật. Tạo điều kiện cho các HTX đủ năng lực, điều kiện được tham gia đề án. Bên cạnh đó, tăng cường kiểm tra, giám sát, đánh giá hiệu quả hoạt động của các HTX để có biện pháp phù hợp nhằm chấn chỉnh, hướng dẫn, hỗ trợ cho HTX hoạt động sản xuất kinh doanh hiệu quả và chấp hành đúng các quy định của pháp luật; kịp thời phổ biến, nhân rộng các mô hình HTX.