Tại hội nghị, các đại biểu tập trung phản biện các nội dung về sự cần thiết phải ban hành quyết định; xem xét tính đúng đắn, khả thi, phù hợp của dự thảo đối với tình hình thực tiễn hiện nay của tỉnh Phú Yên; nội dung quy định về việc tiếp nhận hồ sơ và giao trả kết quả (tại Điều 4) và quy định về thời gian giải quyết hồ sơ đối với một số trường hợp cụ thể (tại Điều 5), nhằm góp phần thực hiện tốt công tác đăng ký, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho người dân trên địa bàn tỉnh. Các đại biểu cũng đã thảo luận kỹ các nội dung quy định về công tác phối hợp bao gồm: Phối hợp trong trình tự thực hiện các thủ tục hành chính (tại Chương II); phối hợp trong chỉ đạo điều hành giữa UBND cấp huyện, các cơ quan có liên quan và Sở TN-MT, Văn phòng Đăng ký đất đai (tại Chương III); phối hợp thực hiện một số nhiệm vụ chuyên môn khác giữa Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh và các cơ quan có liên quan (tại Chương IV) nhằm đảm bảo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan, đơn vị, tổ chức, cá nhân có liên quan... 
Trên cơ sở phản biện của các đại biểu và các chuyên gia, Phó Chủ tịch thường trực Ủy ban MTTQ tỉnh Hồ Hồng Nam đề nghị đơn vị chủ trì soạn thảo là Sở TN-MT tiếp thu và có sự điều chỉnh hợp lý để dự thảo quyết định sau khi ban hành phù hợp với các quy định của pháp luật hiện hành; là cơ sở pháp lý để các cơ quan, đơn vị có liên quan thực hiện tốt công tác đăng ký, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất trên địa bàn tỉnh.