Đối với GS.TS Nguyễn Ngọc Kính, Phó Chủ tịch kiêm Tổng Thư ký Hội Giống cây trồng Việt Nam, câu chuyện phản biện nảy lửa xung quanh dự án 1 triệu héc ta lúa lai với tổng mức đầu tư lên tới 1.200 tỷ đồng là một kỷ niệm không thể quên. Từ một dự án có mức kinh phí khủng 1.200 tỷ đồng, sau nhiều lần phản biện, cuối cùng đã rút xuống còn 42 tỷ đồng.

10 năm đã trôi qua song GS.TS Nguyễn Ngọc Kính vẫn còn giữ lại toàn bộ tài liệu về phản biện nảy lửa này.
Vô lý và thiếu khoa học
Đó là tháng 6/2003, khi ấy, GS.TS Nguyễn Ngọc Kính đang làm việc tại Vụ KHCN, Bộ NN&PTNT. Trong một lần đi họp, ông nghe tin Bộ NN&PTNT lúc đó sắp trình Chính phủ phê duyệt "Định hướng và giải pháp phát triển sản xuất hạt giống lúa lai phục vụ mục tiêu 1 triệu héc ta (ha) lúa lai đến năm 2010" với mức kinh phí cực khủng là 1.200 tỷ đồng.
"Sau khi tìm hiểu, tôi thấy đây là một dự án thiếu cơ sở khoa học, kinh phí quá lớn... Tôi viết thư cho lãnh đạo Bộ nói rằng dự án có nhiều điểm còn "băn khoăn" và rằng nếu Bộ vẫn trình chính phủ phê duyệt và cho triển khai, thì xin phép cho một số anh chị em làm công tác khoa học, khuyến nông được có thư trình bày quan điểm với các cấp có thẩm quyền và Bộ Tài chính".
Cũng phải trao đổi vài lần sau đấy các nhà khoa học của Hội Giống cây trồng mới được mời tham gia phản biện. Một buổi họp trong phạm vi hẹp giữa những người lập dự án và các nhà khoa học diễn ra khá căng thẳng. Bên ủng hộ cho rằng lúa lai là giống sạch bệnh, cho năng suất cao hơn giống lúa thuần từ 1,5 - 2 tấn/ha. Ngoài ra, giống lúa lai có tính thích ứng rộng với hầu hết các vùng sinh thái của cả nước, trồng 1ha lúa lai hạn chế được việc phá khoảng 2ha rừng để trồng cây lương thực và đặc biệt là hiệu quả kinh tế của trồng lúa lai rất cao (do lấy năng suất tăng bình quân 1,5 - 2tấn/ha nhân với diện tích dự kiến phát triển 1 triệu ha).
Tuy nhiên, bên phía các nhà khoa học lại cho rằng đầu tư tới 1.200 tỷ đồng để sản xuất hạt giống phục vụ cho mục tiêu phát triển tới 1 triệu ha lúa lai vào năm 2010 là không hợp lý.
Thứ nhất, giống lúa lai là một thành tựu khoa học lớn trong lĩnh vực chọn tạo giống lúa được thế giới công nhận. Thực tế, những giống lúa lai của Trung Quốc vào thời điểm đó khi đưa vào Việt Nam trồng thử nghiệm cũng đã cho một số kết quả nhất định, song năng suất lúa tăng theo báo cáo của Trung tâm Khảo nghiệm giống cây trồng thì nơi cao nhất mới đạt 15% và nơi thấp nhất là 5%, ấy là chưa kể đến phẩm chất gạo rất thấp, nhiều nơi người ta sử dụng vào mục đích chăn nuôi.
Thứ hai, dự toán kinh phí quá lớn, nhiều điều bất hợp lý. Ví dụ, chi 10 tỷ đồng cho đào tạo cán bộ trong và ngoài nước; thuê chuyên gia nước ngoài 10 tỷ đồng. Phải nói rằng, trước đó Tổ chức Nông lương thế giới đã có một dự án kỹ thuật đưa chuyên gia lúa lai của Trung quốc sang Việt Nam đào tạo, tập huấn kỹ thuật cho các cán bộ Việt Nam và Việt Nam cử cán bộ sang đào tạo về công nghệ sản xuất lúa lai tại Trung Quốc. Giờ lại mất thêm 10 tỷ đề cử người đi đào tạo và 10 tỷ thuê chuyên gia nước ngoài nữa là không cần thiết mà vấn đề cơ bản nằm ở chỗ nước bạn có chuyển giao bí mật công nghệ hay là chỉ chuyển giao kỹ thuật như trước đây đã làm.
Kết luận sau buổi họp là: Viết lại tờ trình với nội dung xin Chính phủ phê duyệt "Cơ chế để sản xuất hạt giống lúa lai" và bỏ định hướng mục tiêu 1 triệu ha. 
Bình mới còn rượu cũ
Mặc dù thống nhất viết lại tờ trình và bỏ định hướng mục tiêu 1 triệu ha, song chỉ vài tháng sau, Bộ NN&PTNT có một tờ trình xin Chính phủ phê duyệt "Định hướng và giải pháp phát triển sản xuất hạt giống lúa lai đến năm 2010" với mục tiêu sản xuất hạt giống lúa lai đảm bảo trên 80% nhu cầu hạt giống cho chương trình 1 triệu ha lúa lai. Nhìn thoáng qua, tên tờ trình thì có vẻ là mới nhưng thực chất nội dung lại y hệt cái cũ. Suy cho cùng đây chỉ là cái mà dân gian vẫn gọi là "bình mới, rượu cũ".
Vậy là các nhà khoa học lại phải vào cuộc. Bản thân  GS.TS Nguyễn Ngọc Kính đã phải đi gõ cửa nhiều nơi để "nói cho rõ". Các nhà khoa học bảo lưu quan điểm, kinh phí quá lớn và định hướng thiếu cơ sở khoa học. Không uổng công sức của các nhà khoa học, cuối cùng Chính phủ không phê duyệt. Tuy nhiên, sau cái thở dài nhẹ nhõm, các nhà khoa học không thể tin được rằng, chỉ một năm sau đó, lại xuất hiện một dự án mới, cũng thuộc loại "bình mới, rượu cũ", có điều kinh phí đã rút xuống còn 338 tỷ 600 triệu đồng.
Các nhà khoa học cũng chỉ ra các khoản chi đầu tư xây dựng cơ bản, mua trang thiết bị lớn hơn nhiều so với yêu cầu và định mức thông thường, đặc biệt là quản lý phí lên tới 15 tỷ đồng.