Y tế Dự phòng, Phòng chống HIV/AIDS và Truyền thông Giáo dục sức khỏe vào tháng 01/2020; Sáp nhập 09 Trung tâm Dân số – Kế hoạch hóa gia đình tuyến huyện trực thuộc Chi cục Dân số – KHHGĐ vào Trung tâm Y tế huyện tháng 6/2020; Giải thể 09 Trạm Y tế Phường, Thị trấn của 09 huyện, thị xã, thành phố trực thuộc Trung tâm Y tế huyện, thị xã, thành phố song tình hình sinh hoạt hội viên và các chi hội không có sự biến động.
Mặc dù có sự thay đổi về cơ cấu tổ chức, nhưng Hội Y học  nghiêm túc quán triệt kỹ và tổ chức triển khai tuyên truyền sâu rộng trên các phương tiện thông tin đại chúng đầy đủ các Nghị quyết, Chỉ thị, Quyết định của Đảng, Nhà nước và của ngành Y tế một cách đồng bộ, triệt để đến từng cán bộ, hội viên trong công tác phòng chống dịch COVID -19.
Vận động toàn thể cán bộ, hội viên gương mẫu thực thi tất cả các chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, của Bộ Y tế, UBND tỉnh và Sở Y tế Phú Yên về công tác phòng chống dịch bệnh COVID -19: Có  146 cán bộ, hội viên trực tiếp tham gia Ban Chỉ đạo 3 cấp  trong phạm vi toàn tỉnh, 234 cán bộ hội viên tham gia công tác kiểm dịch quốc tế tại các chốt kiểm dịch bến tàu, sân bay, nhà ga và các bến xe ngay từ khi có dịch COVID -19 bắt đầu bùng phát cho đến nay vẫn duy trì thường xuyên trong trạng thái cảnh giác cao độ.Cán bộ, hội viên ở các cơ sơ khám chữa bệnh tiếp tục thực hiện Thông tư số: 07/2014/TT-BYT, ngày 25/02/2014 và Quyết định số 2151/QĐ-BYT của Bộ Y tế quy định về Quy tắc ứng xử của công chức, viên chức, người lao động làm việc tại các cơ sở y tế; về thay đổi phong cách thái độ phục vụ của nhân viên y tế, xây dựng người cán bộ công chức trung thành, tận tụy, sáng tạo, gương mẫu hướng tới sự hài lòng của người bệnh song song với việc tuyên truyền vận động bệnh nhân, thân nhân thực hiện tốt nếp sống vệ sinh, rửa tay sát khuẩn thường xuyên, thường xuyên đeo khẩu trang và hạn chế tiếp xúc gần với mọi người.
Từ đây đến cuối năm 2020, Hội tiếp tục củng cố tổ chức, phát triển các chi hội theo hướng chuyên khoa, nâng cao năng lực quản lý, điều hành của BC hành c chi hội trên cơ sở phân công, phân nhiệm phù hợp cho từng t viên. Thực hiện điều lệ, quy chế hoạt động của Hội, đồng thời vận động cán bộ, hội viên tham gia nghiên cứu, ứng dụng khoa học kỹ thuật.