Để duy trì hoạt động khám chữa bệnh cho người dân địa phương, Trung tâm Y tế TP Tuy Hòa sử dụng cơ sở 66-68 Phan Đình Phùng (phường 1) làm cơ sở khám chữa bệnh ngoại trú. Cơ sở này đảm bảo một số kỹ thuật cơ bản như siêu âm, chụp X-quang, xét nghiệm…, khám chữa bệnh đa khoa cho người dân trên địa bàn thành phố, bao gồm những người tham gia và không tham gia bảo hiểm y tế. Các bộ phận tham gia công tác phòng chống dịch làm việc tại Trạm Y tế phường 6. 
Theo bác sĩ Lê Huỳnh Linh, sau khi Sở Y tế ban hành hướng dẫn tạm thời quản lý người mắc COVID-19 tại nhà và tổ chức tập huấn trực tuyến, Trung tâm Y tế thành phố tham mưu UBND thành phố kế hoạch triển khai trạm y tế lưu động và quản lý F0 tại nhà. 
TP Tuy Hòa vừa tổ chức chiến dịch tiêm mũi 2 vắc xin Astra Zeneca cho những người đã tiêm mũi 1. Trung tâm Y tế thành phố bố trí 10 điểm tiêm, bình quân mỗi điểm tiêm vắc xin cho 800-1.000 người/ngày. Điểm tiêm lớn nhất là tại Trung tâm Kỹ thuật tổng hợp - Hướng nghiệp tỉnh Phú Yên (296 Trần Hưng Đạo), tiêm vắc xin cho 1.500 người/ngày, có khi lên đến gần 2.000 người/ngày. Một số điểm tiêm đã hoàn thành kế hoạch, như điểm tiêm ở các xã Bình Ngọc, Hòa Kiến… Từ ngày 29/11-1/12, Trung tâm Y tế TP Tuy Hòa tổ chức tiêm mũi 2 vắc xin của Pfizer-BioNTech cho những người đã tiêm mũi 1, tại điểm tiêm 296 Trần Hưng Đạo. Với những người trong độ tuổi 18-60, vì phải đi xa mưu sinh và chưa tiêm chủng, khi họ trở về thì địa phương lập danh sách và báo, Trung tâm Y tế thành phố sẽ tổ chức điểm tiêm tại địa phương. 
Vấn đề mà rất nhiều người quan tâm là tiêm vắc xin phòng COVID-19 cho người từ 12-17 tuổi. Trung tâm Y tế TP Tuy Hòa đã tham mưu UBND thành phố ban hành kế hoạch khung tiêm vắc xin cho lứa tuổi học đường. Việc tiêm chủng sẽ được tiến hành lần lượt theo độ tuổi, bắt đầu từ 17 tuổi trở xuống. Bác sĩ Lê Huỳnh Linh cho biết: “Điểm tiêm vắc xin sẽ được tổ chức tại các trường. Riêng với các em trong độ tuổi học đường nhưng đã nghỉ học, chúng tôi tham mưu UBND thành phố, được thống nhất là sẽ giao cho tổ chức Đoàn Thanh niên ở các địa phương rà soát, nắm danh sách để tổ chức tiêm vắc xin tại trường trên địa bàn, vào khung giờ khác. Thành phố cũng rất quan tâm đến đối tượng này và đã có phương án để các em được tiêm vắc xin phòng COVID-19”.