Tờ báo cách mạng đầu tiên của tỉnh ra đời với tên gọi Chiến Thắng, sau đó đổi tên thành Báo Cứu Quốc khu VI, Phấn Đấu, Sức Mới, Đoàn Kết, Giải Phóng. Đến tháng 12/1975, tỉnh Phú Yên sáp nhập với Khánh Hòa, hai tờ báo tỉnh cũng sáp nhập và lấy tên là Báo Phú Khánh. Ngày 1/7/1989, tỉnh Phú Khánh được chia thành hai tỉnh: Phú Yên và Khánh Hòa, Báo Phú Yên được tái lập đến hôm nay. 
Vượt khó vươn lên 

Trong quá trình hoạt động và phát triển, Báo Phú Yên đã nhận được nhiều bằng khen, giấy khen ghi nhận sự nỗ lực và thành tích của tòa soạn. Trong đó, đáng kể nhất là những danh hiệu cao quý: Huân chương Độc lập hạng ba (2006), Huân chương Lao động hạng nhất (1998), Bằng khen Thủ tướng Chính phủ (1996 và 2004), nhiều bằng khen của Tỉnh ủy, UBND tỉnh và các bộ, ngành trung ương.

Trong hoàn cảnh khó khăn, thiếu thốn về nhân lực, kinh phí và cơ sở vật chất của những ngày đầu tái lập tỉnh, Báo Phú Yên nỗ lực xuất bản 2 kỳ/tuần như Báo Phú Khánh cũ, ra số đầu tiên vào ngày 4/7/1989. Từ sau ngày tái lập tỉnh đến nay, được sự quan tâm chỉ đạo của Thường trực Tỉnh ủy, định hướng của Ban Tuyên giáo Tỉnh ủy cùng với sự phối hợp, hỗ trợ kịp thời của các sở, ban ngành, đoàn thể, địa phương trong tỉnh và các doanh nghiệp; Báo Phú Yên đã khắc phục những khó khăn, từng bước nâng cao chất lượng nội dung, quy mô xuất bản, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ tuyên truyền trong tình hình mới; đã xuất bản nhật báo vào năm 2010 cùng với nhiều lần cải tiến nội dung, hình thức trình bày tờ báo theo hướng hiện đại.
Trang tin điện tử tổng hợp của báo (PhuYen Online) hoạt động từ năm 2006 được nâng cấp lên thành báo điện tử vào cuối năm 2021, chuyên trang tiếng Anh Phu Yen News - thông tin đối ngoại quan trọng của tỉnh duy trì ổn định. Thực hiện định hướng của Ban Tuyên giáo Tỉnh ủy, bên cạnh việc duy trì các chuyên trang, chuyên mục cũ, báo vừa mở chuyên trang Bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng, thực hiện Nghị quyết 35 của Bộ Chính trị về tăng cường bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng, đấu tranh phản bác các quan điểm sai trái, thù địch trong tình hình mới. 
Chất lượng các ấn phẩm được nâng cao, hình thức trình bày tờ báo được đổi mới; đội ngũ cán bộ, phóng viên có lập trường, quan điểm vững vàng, giỏi về chuyên môn, nghiệp vụ và có đạo đức nghề nghiệp, phục vụ có hiệu quả nhiệm vụ chính trị được phân công. 
Cụ thể, Báo Phú Yên đã tổ chức tuyên truyền sâu rộng và xuyên suốt về chủ nghĩa Mác - Lê nin, tư tưởng Hồ Chí Minh, nghị quyết đại hội đảng các cấp; tuyên truyền đậm nét việc học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh, các chương trình hành động, chỉ thị và nghị quyết của Tỉnh ủy, Ban Thường vụ Tỉnh ủy. 
Báo cũng đã tuyên truyền các cuộc vận động xây dựng cơ sở, chương trình xây dựng nông thôn mới trên địa bàn tỉnh; phổ biến pháp luật, đấu tranh chống tham nhũng, lãng phí, các tệ nạn xã hội; kịp thời nêu gương người tốt việc tốt, nhân rộng các điển hình nhân tố mới, cổ vũ các phong trào thi đua yêu nước; công tác phòng chống dịch bệnh COVID-19… 
Có thể khẳng định, các ấn phẩm của Báo Phú Yên đang ngày càng khẳng định vai trò trong đời sống xã hội, là món ăn tinh thần không thể thiếu đối với cán bộ, đảng viên và Nhân dân trong tỉnh; bạn đọc trong và ngoài nước. Thông qua báo, cán bộ, đảng viên, Nhân dân và bạn đọc cập nhật được nhiều tin tức về tỉnh, đất nước và thế giới. Được sự quan tâm của Thường trực Tỉnh ủy, từ năm 2022, nhuận bút của báo cũng được tăng hơn, đời sống cán bộ, phóng viên, biên tập viên và người lao động được cải thiện. 
Song song với nhiệm vụ chuyên môn, thời gian qua, Báo Phú Yên còn có nhiều hoạt động sau mặt báo mang ý nghĩa thiết thực. Báo đã tổ chức và tham gia công tác xã hội, qua đó mỗi năm kết nối, vận động hàng tỉ đồng để giúp đỡ các hộ nghèo, gia đình chính sách; xây nhà Tình thương, tổ chức khám bệnh, phát thuốc miễn phí… góp phần đảm bảo an sinh xã hội trên địa bàn tỉnh. 
Cung cấp thông tin chính thống của tỉnh đến bạn đọc 
Để góp phần cùng với tỉnh thực hiện thắng lợi các chỉ tiêu chủ yếu Nghị quyết Đại hội lần thứ XIII của Đảng và Nghị quyết Đại hội Đảng bộ tỉnh lần thứ XVII đề ra, Báo Phú Yên tiếp tục tập trung nâng cao chất lượng các ấn phẩm, làm chủ kỹ thuật và công nghệ nhằm tăng sức hấp dẫn các ấn phẩm, mở rộng đối tượng độc giả, làm cho mỗi sản phẩm của tờ báo đều thể hiện sinh động tính Đảng, tính chiến đấu và sự hấp dẫn đối với bạn đọc. Qua đó tuyên truyền sâu rộng, kịp thời, có hiệu quả đường lối, chủ trương của Đảng, chính sách và pháp luật của Nhà nước, các nhiệm vụ chính trị của địa phương, tạo sự đồng thuận cao trong xã hội. 
Để làm tốt được nhiệm vụ này, Báo Phú Yên tiếp tục bám sát nhiệm vụ chính trị của tỉnh, tập trung tuyên truyền kết quả lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành của cấp ủy, chính quyền trong phát triển kinh tế - xã hội, bảo đảm quốc phòng, an ninh và công tác xây dựng Đảng, xây dựng hệ thống chính trị trên địa bàn tỉnh. Mỗi cán bộ, phóng viên, biên tập viên của báo phải phấn đấu, rèn luyện về bản lĩnh chính trị, tư tưởng, đạo đức nghề nghiệp; tích cực học tập, thấm nhuần sâu sắc về tư duy và phong cách báo chí cách mạng của Chủ tịch Hồ Chí Minh. 
Một nhiệm vụ cũng hết sức quan trọng là Báo Phú Yên tiếp tục nâng cao hơn nữa chất lượng công tác tuyên truyền trong triển khai Kết luận 01-KL/TW, ngày 18/5/2021 của Bộ Chính trị về tiếp tục thực hiện Chỉ thị 05-CT/TW, ngày 15/5/2016 của Bộ Chính trị về đẩy mạnh học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh gắn với thực hiện Nghị quyết Trung ương 4 khóa XII về xây dựng, chỉnh đốn Đảng, ngăn chặn, đẩy lùi sự suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, những biểu hiện “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa”; bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng trong đội ngũ cán bộ, đảng viên, công chức, viên chức. Báo cũng nắm chắc tình hình thực tiễn để xác định nội dung, biện pháp thông tin tuyên truyền phù hợp với từng đối tượng bạn đọc, xứng đáng là kênh thông tin chính thống của tỉnh, góp phần vào sự phát triển ổn định và bền vững của Phú Yên.