Trên cơ sở những quy định của pháp luật, UBND tỉnh đã ban hành các chương trình, kế hoạch, văn bản chỉ đạo các cơ quan, địa phương trên địa bàn tỉnh đẩy mạnh tuyên truyền, phổ biến, quán triệt các nội dung cụ thể và chủ động xây dựng kế hoạch, phương án, đề án… Đồng thời triển khai thực hiện chặt chẽ, tiến độ đúng quy định; tập trung rà soát, kiện toàn, sắp xếp lại cơ cấu, tổ chức bộ máy đảm bảo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể, rõ ràng, phù hợp với đặc điểm, tình hình cơ quan, đơn vị, hoạt động hiệu lực, hiệu quả. 
Giảm đầu mối, nâng cao hiệu quả 
Đến nay, UBND tỉnh đã ban hành mới hoặc sửa đổi, bổ sung 17/18 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các sở, ngành. Theo đó đã giảm 30 phòng thuộc sở và giảm 56 lãnh đạo cấp phòng… Đối với việc sắp xếp các đơn vị sự nghiệp công lập, UBND tỉnh đã sáp nhập, hợp nhất, giải thể một số đơn vị sự nghiệp trực thuộc các sở, ngành tỉnh, qua đó đã giảm 30 đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Y tế và giảm 5 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc các sở, ngành khác. Ở cấp huyện, có 9/9 địa phương thực hiện hợp nhất, sáp nhập các trường mầm non công lập, các trường tiểu học, THCS trên địa bàn và bố trí trưởng ban tuyên giáo đồng thời là giám đốc trung tâm bồi dưỡng chính trị; bố trí 224 bí thư chi bộ kiêm trưởng thôn, buôn, khu phố. 
Đồng chí Trần Hữu Thế, Phó Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch UBND tỉnh, nhìn nhận: Nhìn chung, chức năng nhiệm vụ của từng cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, UBND cấp huyện sau khi sắp xếp, kiện toàn hoạt động ngày càng có hiệu lực, hiệu quả, tham mưu kịp thời cho UBND trên các lĩnh vực chuyên môn về quản lý nhà nước, giúp UBND tỉnh, UBND huyện, thị xã, thành phố triển khai kịp thời các chủ trương, chính sách của Trung ương, của tỉnh. Tỉnh cũng đã thực hiện nghiêm túc, đầy đủ, đúng các quy định về phân cấp quản lý do Chính phủ và các bộ, ngành về phân cấp quản lý nhà nước. Hàng năm, UBND tỉnh đều giao Sở Nội vụ xây dựng kế hoạch, thành lập đoàn thanh tra, kiểm tra công tác tổ chức cán bộ của các cơ quan, đơn vị thuộc tỉnh. Việc thực hiện sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, xã đáp ứng yêu cầu quản lý, phát triển kinh tế - xã hội… 
Theo Phó Chủ tịch UBND TX Đông Hòa Nguyễn Văn Tĩnh, thời gian qua, TX Đông Hòa luôn chú trọng công tác củng cố, kiện toàn tổ chức bộ máy, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động của bộ máy chính quyền; tổ chức bộ máy, công tác quản lý cán bộ, biên chế, tiền lương được thực hiện chặt chẽ. Qua đó khắc phục những chồng chéo, trùng lặp về chức năng, nhiệm vụ. Đồng thời, Đông Hòa cũng đã đẩy mạnh việc phân cấp, quy hoạch, bố trí sắp xếp lại cán bộ, công chức theo chức danh, nhiệm vụ được giao, tập trung chỉ đạo cải tiến lề lối làm việc, chú trọng công tác đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ… 
Ông Bùi Anh Tý, phường Hòa Vinh (TX Đông Hòa) cho biết: Tôi nhận thấy những năm gần đây, bộ máy hành chính của tỉnh nói chung và của TX Đông Hòa nói riêng có sự đổi mới rất mạnh mẽ, ngày càng tinh gọn. Các bước giải quyết thủ tục hành chính cho công dân được nhanh chóng hơn, có những hồ sơ không cần thiết phải đến cơ quan hành chính nhà nước trực tiếp thực hiện, mà ngay tại nhà vẫn có thể giải quyết được. 
Tiếp tục khắc phục tồn tại, hạn chế 
Theo UBND tỉnh, qua 10 năm thực hiện Chương trình tổng thể CCHC cũng đã bộc lộ những tồn tại, hạn chế. Đó là, việc sắp xếp, kiện toàn lại các cơ quan chuyên môn cấp tỉnh, cấp huyện theo nghị quyết của Trung ương, Chính phủ và của Tỉnh ủy, Phú Yên đã chủ động ban hành các kế hoạch sắp xếp tổ chức bộ máy của các cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập cụ thể theo từng ngành, lĩnh vực. Tuy nhiên, hiện nay, Trung ương chưa ban hành văn bản chỉ đạo cụ thể việc thực hiện sắp xếp tổ chức bộ máy của các tổ chức hành chính, các đơn vị sự nghiệp công lập theo ngành, lĩnh vực. Do đó, trong quá trình thực hiện việc kiện toàn, sắp xếp các tổ chức hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập, địa phương vẫn còn lúng túng, chưa thống nhất. Chỉ tiêu biên chế giao hiện nay đối với địa phương chưa gắn liền với chức năng, nhiệm vụ được giao bổ sung và quy mô quản lý, tốc độ phát triển kinh tế - xã hội… gây ra nhiều khó khăn, hạn chế trong việc thực hiện các nhiệm vụ chính trị được giao, tạo áp lực đối với các mục tiêu kinh tế - xã hội. Việc tinh giản chỉ dựa trên số lượng người xin nghỉ tinh giản biên chế và số lượng người nghỉ hưu, thôi việc theo quy định… 
Chủ tịch UBND huyện Sông Hinh Đinh Ngọc Dạn cho biết: “Công tác CCHC của huyện Sông Hinh có lúc chưa đáp ứng được yêu cầu đề ra; sự phối hợp giữa các ngành, địa phương vẫn còn thiếu đồng bộ làm kéo dài thời gian xử lý công việc. Trong đó, công tác kiện toàn bộ máy hành chính gặp khó khăn ở việc đầu tư hạ tầng cơ sở và hoạt động ứng dụng; phát triển công nghệ thông tin chưa đáp ứng được yêu cầu đề ra; tỉ lệ cán bộ, công chức, viên chức sử dụng các ứng dụng chung (email công vụ, hệ thống quản lý văn bản và điều hành, chữ ký số),… còn thấp”. 
Để khắc phục những tồn tại khó khăn trong giai đoạn 2020-2030, theo người đứng đầu UBND tỉnh hiện nay, tỉnh đã đề ra một số giải pháp. Đó là, sắp xếp tổ chức bộ máy, đổi mới hoạt động bộ máy hành chính theo hướng tinh gọn, hiệu quả, nhất là về mô hình tổ chức chính quyền đô thị, phân biệt quản lý nhà nước tại đô thị và nông thôn, kết hợp rà soát tổ chức bộ máy của các cơ quan, đơn vị gắn liền với rà soát biên chế, số lượng người làm việc; tăng cường phân cấp quản lý hành chính, gắn với trách nhiệm người đứng đầu. Đổi mới tổ chức, hoạt động đơn vị sự nghiệp công lập; trách nhiệm cung ứng dịch vụ công ra khỏi các cơ quan quản lý nhà nước và chuyển một số dịch vụ công sang doanh nghiệp, tổ chức xã hội đảm nhiệm. Đẩy mạnh cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong các đơn vị sự nghiệp công lập; đẩy mạnh xã hội hóa một số loại hình dịch vụ sự nghiệp công lập, đặc biệt là giáo dục, y tế…